Виктор Николаевич Хлыстун родился 19 марта 1946 г. в селе Дмитриевка Щучинского района Кокчетавской области Казахской ССР. В 1963 году окончил Щучинский горно-металлургический техникум (Казахская ССР) и начал свою трудовую деятельность в качестве помощника машиниста экскаватора на Соколовско-Сарбайском горно-обогатительном комбинате, а затем электрослесаря совхоза «Урумкайский» Кокчетавской области.

В 1965 году поступил и в 1970 году с отличием окончил Московский институт инженеров землеустройства (МИИЗ), ныне ГУЗ – Государственный университет по землеустройству. Был оставлен на преподавательскую работу в институте, через год поступил в аспирантуру и в 1974 году защитил кандидатскую диссертацию, совмещая обучение с преподавательской деятельностью, последовательно занимая должности ассистента, старшего преподавателя, доцента, декана Землеустроительного факультета, секретаря партийного комитета института.

В ноябре 1980 года был назначен проректором по научной работе. В 1988 году защитил докторскую диссертацию, в 1989 году получил звание профессора, в 1991 году избран членом-корреспондентом ВАСХНИЛ.

В этот период им был самостоятельно подготовлен проект закона РСФСР «О земельной реформе», который был принят к рассмотрению Советом Министров РСФСР, без существенных изменений внесён в Верховный Совет России и принят 23 ноября 1990 года.

Под руководством В.Н. Хлыстуна сформированной им командой были разработаны программа земельной реформы, новый Земельный кодекс и весь пакет законов и подзаконных нормативных актов, определивших цели, задачи и содержание земельных преобразований в России, обеспечивших формирование нового земельного строя государства. Возглавляемый им Государственный комитет уже за первый год реформы сформировал принципиально новую систему управления земельными ресурсами, провёл сплошную инвентаризацию земель, обеспечил переход к многообразию форм собственности на землю и развитие альтернативных форм ведения сельскохозяйственного производства, осуществил первые шаги по формированию земельного рынка и др.

В ноябре 1991 года была изменена структура правительства, Госкомзем вошёл в состав Министерства сельского хозяйства РФ, и В.Н. Хлыстун был назначен его руководителем. На министерство в качестве главной задачи возлагалась продовольственное обеспечение страны на основе проведения широкомасштабной аграрной реформы.

В условиях жёстких политических разногласий, резкого снижения уровня государственной поддержки сельского хозяйства предстояло в предельно короткие сроки определить направления, содержание и механизмы проведения аграрных преобразований. Уже в конце декабря разработанный под руководством министра пакет необходимых документов был представлен правительству и Президенту России. Эти документы были результатом не только научного обоснования, но и компромиссов между различными властными группами. Тем не менее они стали основой для формирования современного аграрного строя Российской Федерации.

Весной 1994 года из-за множества разногласий с финансово-экономическим блоком правительства В.Н. Хлыстун подал заявление о своей отставке с должности министра, которое было удовлетворено только в ноябре, после завершения сбора урожая.

По настойчивому предложению руководства правительства он перешёл на работу в Агропромбанк в качестве сначала заместителя, затем – первого заместителя председателя правления. Сельскому хозяйству нужна была современная система кредитной поддержки, которую предстояло создать в короткое время. Прежде всего была необходима развитая региональная сеть филиалов и отделений банка, формирование которой было возложено на В.Н. Хлыстуна.

В 1993-1996 годах он одновременно был членом Совета Федерации РФ. В 1997 году был избран академиком Российской академии сельскохозяйственных наук.

В мае 1996 года В.Н. Хлыстун был вновь назначен на должность министра сельского хозяйства, а в мае 1997 года на должность заместителя Председателя Правительства – министра сельского хозяйства РФ, в ведении которого, кроме Минсельхоза, были ещё 6 министерств и ведомств. В марте 1998 года правительство В.С. Черномырдина было отправлено в отставку, в состав нового правительства В.Н. Хлыстун по ряду причин войти отказался.

В 1998–2009 годах В.Н. Хлыстун создал и возглавил сначала Институт конъюнктуры аграрного рынка – до настоящего времени являющийся одним из наиболее авторитетных экспертных центров, затем – Центр международных инвестиций, задачей которого было привлечение в сферу АПК инвестиций, обеспечивающих технологическое развитие отрасли.

В декабре 2004 года центр вошёл в состав Россельхозбанка, а его руководитель назначен заместителем председателя правления. В этот период под его руководством были разработаны проект Федерального закона «Об обороте земель сельскохозяйственного назначения», Государственная программа привлечения инвестиций в АПК, проект Федерального закона «О развитии сельского хозяйства». Принимал активное участие в разработке и реализации Национального проекта «Развитие АПК», создал и был избран президентом Международного клуба агробизнеса, которым руководил до 2011 года, а до настоящего времени является его почётным президентом.

Создал несколько новых учебных курсов, подготовил 3 докторов и 10 кандидатов наук. Принимает активное участие в развитии системы высшего землеустроительного образования.

В 2013 году стал академиком Российской академии наук, а в 2023 году избран членом Президиума РАН. Является членом бюро Межведомственного координационного совета по исследованиям в сфере агропромышленного производства, председателем консультативного совета при отделении сельскохозяйственных наук РАН, членом экспертных советов при аграрных комитетах Совета Федерации и Государственной Думы РФ.

Он автор более 300 научных публикаций, в том числе более 20 учебников, учебных пособий и монографий. Является членом двух диссертационных советов и пяти редакционных коллегий научных журналов, почётным профессором пяти университетов.